九月五日清晨四點，國民大會三讀通過包括國代延任在內的修憲案，由國、民兩黨國代的聯手支持，配合國大議長蘇南成強勢主導議事，以無記名投票方式闖關。之前國、民兩大黨封殺國代延任案的政策宣示，國代顯然充耳未聞。
依據國民大會所通過的延任案，原定明年三月十八日與總統選舉一併舉行之國代選舉將停辦，配合立委改選，本屆國代任期延長至第四屆立委任滿之日，即民國九十一年六月底，而國代總額也將從第四屆起改為三百人，第五屆減半為一百五十人，產生方式以立委各黨派候選人得票比例分配當選名額。
民進黨國大黨團總召集人陳金德指出，民進黨廢國大、單一國會的主張有現實上的困難，才提出凍結國大選舉，改採完全政黨比例制的修正案，配套國代延任只是「必要之惡」。
國民黨國代則義正辭嚴強調，延任是為了完成修憲任務，議長蘇南成則說他並未強力主導議事，只是按照議事程序進行。而傳言卻有指總統府高層事先知道並支持國代延任，對於這樣的傳言，國民黨秘書長章孝嚴與總統府秘書室主任蘇志誠都嚴正否認，指出李登輝總統從頭至尾反對國大延任的態度與立場都十分明確。
延任案讓國代延任至民國九十一年六月，較原任期延長二年多，外界遂質疑國代「自肥」；另外，雖然民進黨提出廢國大、單一國會法目標明確，但因違反民主憲政體制程序正義的原則，也受到輿論的強烈批評。
一般咸認，外界對國代自肥的批評確實將影響明年三月的總統大選選情，所以各黨參選人也紛紛表達對國大延任反對的立場。
副總統連戰指責國代沒有真正了解民意，這個修正案與國民黨規劃預期的方案完全不同，他非常遺憾。民進黨總統提名人陳水扁則指出，未來能否藉國代選舉改採全額政黨比例制凍結國代選舉，逐步達成國會改革的理想與目標，有待進一步的觀察，全民應一起監督。另外，新黨提名人李敖、脫黨參選的宋楚瑜、許信良也表達了反對與遺憾的立場。
國、民兩黨國代為了自清，紛紛發動連署，表示從明年原定任期屆滿後，停止支領薪資，並且支持任何順應民意的補救措施。但輿論也提出，國代本屬無給職，根本沒有薪資，所領各項費用為助理與工作津貼，所以需以書面提出自何時起至何時止，拒領哪項費用，才有實質意義。
在延任案上表達反對立場、並放棄投票的新黨國代黨團，在九月七日召開的會議中，除少數宣示將辭去國代職務的代表外，大多傾向於不在明年五月後辭去現職，並認為應繼續支領費用以維持運作。
由於民意的反彈聲浪升高，兩黨中央均考慮祭出黨紀，處罰此次未理會黨意強行通過延任案的國代，國民黨考紀會就在九月七號全員通過的情況下，迅速決定對國大議長蘇南成處以「開除黨籍」最嚴厲的處分，由於蘇南成為不分區國代，開除黨紀也使他同時失去國代與國大議長的職務。
蘇南成說，他並沒有主導延任案，議事必須維持程序正義，國民黨中央授意不要交付二、三讀，形同要他「作弊」，他做不來，交付表決時，國民黨國代可以不投延任案的贊成票，要他一人承擔後果實在說不過去。
處罰雖重，僅及於個人，國大延任事實已造成，因此國民黨內包括連戰、馬英九在內等人，主張聲請大法官釋憲善後；民進黨則提出公投廢國大的主張，建議召開國大臨時會，將修憲公投入憲；新黨的解決方案是由立法院提出凍結國大修憲案，由國大召開臨時會複決。
一場攸關國家憲政體制與傳統的風波該如何平息，全民正屏息以待，而不管會如何解決，明年三月的總統大選，選民將以選票檢驗各政黨領導人的智慧。
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國大延任案通過之後，民情激憤。圖為新黨所發動反國大延任、自肥大遊行。（薛繼光攝）
